Die Bilanzsumme von Merck betrug zum Bilanzstichtag 15.645 Mio €. Dies entspricht einem Anstieg gegenüber dem 31. Dezember 2007 um 722 Mio € oder 4,8 %. Dabei spielte vor allem das gestiegene Working Capital eine Rolle. Die Eigenkapitalquote stieg von 58,2 % auf 61,1 %. Diese Erhöhung geht sowohl auf das bessere Ergebnis nach Steuern des Geschäftsjahres als auch auf Währungseffekte zurück. Das Eigenkapital nahm insgesamt um 875 Mio € zu. Insbesondere die hohen, in Schweizer Franken bilanzierten Vermögenswerte von Serono stiegen währungsbedingt an, denn der Schweizer Franken wurde gegen Ende des Jahres 2008 deutlich stärker.
Die Nettoverschuldung, definiert als Finanzschulden abzüglich der Zahlungsmittel, betrug zum Stichtag 477 Mio € gegenüber 355 Mio € in der Vorjahresbilanz. Das Gearing (Verhältnis von Nettofinanzschulden einschließlich Pensionsrückstellungen zu Eigenkapital) blieb mit 0,17 (Vorjahr: 0,18) weiterhin auf sehr niedrigem Niveau.