Der Free Cash Flow als wichtige Kennzahl für die finanzielle Lage von Merck wurde 2007 einerseits durch den Kauf von Serono, andererseits durch den Veräußerungserlös für die Sparte Generics stark beeinflusst. Der um Akquisitionen und Verkäufe bereinigte Free Cash Flow betrug 978 Mio € im Vergleich zu 577 Mio € im Vorjahr. Der nominale Free Cash Flow betrug –1.473 Mio € (Vorjahr: –1.073 Mio €) und setzt sich zusammen aus einem Mittelzufluss aus operativer Tätigkeit in Höhe von 1.218 Mio € (Vorjahr 812 Mio €), und einem Mittelabfluss aus investiver Tätigkeit von –2.727 Mio € (Vorjahr –1.462 Mio €) sowie Anpassungen für Zahlungsströme im Zusammenhang mit finanziellen Vermögenswerten von –36 Mio € (Vorjahr 423 Mio €). Der Mittelfluss aus investiver Tätigkeit enthält auch die Zahlungen für die Akquisition von Serono in Höhe von 7.280 Mio € und den Mittelzufluss aus dem Verkauf des Generikageschäfts abzüglich bisher gezahlter Steuern und Transaktionskosten in Höhe von 4.829 Mio €.