Die Bilanzsumme der Merck-Gruppe belief sich zum 31. Dezember 2011 auf 22.120 Mio € und hat sich damit um 268 Mio € oder 1,2 % reduziert. Dieser Rückgang beruht hauptsächlich auf der teilweisen Ausfinanzierung der Pensionsverpflichtungen der Merck KGaA. Im Rahmen des Abschlusses eines Contractual Trust Arrangements (CTA) wurden im Berichtsjahr von der Merck KGaA liquide Mittel in Höhe von 520 Mio € auf einen Treuhänder, den Merck Pensionstreuhand e.V., Darmstadt, übertragen. In Höhe von 218 Mio € wurden diese liquiden Mittel durch den Treuhänder zum Erwerb der Merck Capital Management Limited, Malta, welche die bisher in der Bilanz separat ausgewiesenen Finanzanlagen zur Unterlegung von Pensionsrückstellungen hält, eingesetzt. Aufgrund der Saldierung des neu geschaffenen Planvermögens mit den Pensionsverpflichtungen ergab sich 2011 eine entsprechende Bilanzverkürzung.
Die Eigenkapitalquote zum 31. Dezember 2011 betrug 47,4 % und hat sich damit im Vergleich zum 31. Dezember 2010 (46,3 %) um 1,1 Prozentpunkte erhöht.
Die infolge der letztjährigen Millipore-Akquisition stark angestiegene Nettofinanzverschuldung (Finanzschulden abzüglich Zahlungsmittel, Zahlungsmitteläquivalente, kurzfristige Wertpapiere und finanzielle Vermögenswerte) konnte zum 31. Dezember 2011 um 1.000 Mio € von 4.484 Mio € zum Jahresende 2010 auf 3.484 Mio € zurückgeführt werden. Dies ist vor allem auf die sehr gute Entwicklung des Free Cash Flow im Berichtsjahr zurückzuführen.
Im Jahr 2010 hatten die beiden Rating-Agenturen Standard & Poor’s und Moody’s aufgrund der erhöhten Verschuldung durch die Millipore-Akquisition ihre Ratings angepasst. Während Standard & Poor’s am 2. März 2010 ein Rating von BBB+ mit stabilem Ausblick (zuvor: A-) vergeben hatte, veränderte Moody’s am 16. Juli 2010 sein Rating von A3 vor der Akquisition auf Baa2 (Ausblick stabil). Im Jahr 2011 blieb bei den Ratings alles wie im Vorjahr.